جستجو در سایت :   

عنوان:مطالعه انتقال‌پذیری آغازگر‌های SSR گونه‌های خویشاوند در کهور پاکستانی Prosopis juliflora

دانشگاه کشاورزی و منابع طبیعی رامین خوزستان

دانشکده کشاورزی

گروه زراعت و اصلاح نباتات

پایان نامه کارشناسی ارشد بیوتکنولوژی کشاورزی

عنوان

مطالعه انتقال‌پذیری آغازگر‌های SSR گونه‌های خویشاوند در کهور پاکستانی Prosopis juliflora

استاد راهنما

دکتر خلیل عالمی­سعید

استادان مشاور

دکتر علیرضا شافعی­نیا

دکتر کورش بهنام‌فر

شهریور1393

برای رعایت حریم خصوصی نام نگارنده درج نمی گردد

تکه هایی از متن به عنوان نمونه :

فهرست مطالب

عنوان                                                                                                                                   صفحه

فصل اول : مقدمه……………………………. 1

1-1 مقدمه و اهداف………………………….. 3

2-1 فرضیه‌ها……………………………….. 5

3-1 اهداف………………………………… 5

فصل دوم:‌ مروری بر پژوهش های انجام شده……….. 7

1-2 تاریخچه……………………………….. 9

2-2 مشخصات گیاهشناسی………………………. 9

3-2 پراکندگی جغرافیایی…………………….. 11

4-2 کاربرد‌ها………………………………. 12

1-4-2 گل…………………………………. 12

2-4-2 غلاف‌………………………………… 12

3-4-2 چوب………………………………… 12

4-4-2 صمغ………………………………… 13

5-4-2 خواص درمانی…………………………. 13

5-2 اهمیت اقتصادی کاشت کهور در استان خوزستان…. 14

1-5-2 تولید بذر و لگوم(میوه)………………. 14

2-5-2 تثبیت شن‌های روان، بیابان‌زدایی و توسعه‌ی فضای سبز 15

6-2 روش‌های کشت و توسعه‌ی کهور پاکستانی……….. 15

7-2 نشانگرها………………………………. 16

1-7-2 ریزماهواره‌ها………………………… 16

2-7-2 ماهیت و مبدأ پلی مورفیسم…………….. 17

3-7-2 چگونگی ایجاد ریزماهواره‌ها……………. 18

4-7-2 فراوانی ریزماهواره‌ها در ژنوم…………. 18

5-7-2 بعضی تأثیر‌های عملکردی ریزماهواره‌‌ها……… 19

6-7-2 کاربرد‌های ریزماهواره‌ها………………. 19

8-2 مطالعات ژنتیکی انجام شده……………….. 19

فصل سوم: مواد و روش‎ها……………………… 27

1-3 سال و محل اجرای پژوهش………………….. 31

2-3 روش‌ها…………………………………. 31

1-2-3 تهیه‌ی نمونه‌ی گیاهی………………….. 31

2-2-3 استخراج DNA ژنومی……………………. 33

3-2-3 تعیین کیفیت و کمیت DNA استخراج شده……. 35

4-2-3 واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز………………. 36

1-4-2-3 اجزای واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز………. 37

2-4-2-3 چرخه‌های حرارتی واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز 37

3-4-2-3 الکتروفورز ژل افقی محصول واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز 38

1-3-4-2-3 تهیه‌ی ژل آگارز یک درصد…………. 38

2-3-4-2-3 نظاره‌ی قطعات تکثیر شده………… 39

5-2-3 الکتروفورز ژل عمودی…………………. 39

1-5-2-3 تهیه ژل اکریل‌آمید…………………. 39

2-5-2-3 رنگ‌آمیزی ژل اکریل‌آمید……………… 40

3-3 تجزیه و تحلیل داده‌های مولکولی…………… 41

1-3-3 تجزیه خوشه‌ای……………………….. 42

فصل چهارم : بحث و نتایج……………………. 43

1-4 استخراج DNA…………………………… 45

2-4 کیفیت و کمیت DNA استخراج شده……………. 45

1-2-4 نانودراپ……………………………. 45

2-2-4 الکتروفورز ژل آگارز ……………….. 46

3-4 واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز ……………….. 46

4-4 داده‌های حاصل از لوکوس‌های پلی‌مورف………… 49

5-4 نتایج واکاوی خوشه‌ای……………………. 54

فصل پنجم : نتیجه‌گیری کلی و پیشنهادها………… 57

1-5 نتیجه‌گیری کلی………………………….. 59

2-5 پیشنهادها……………………………… 60

منابع…………………………………….. .61

فهرست منابع……………………………………………………………………………………………………………………………………………63

 

 

فهرست جدول‌ها

عنوان                                                                                                                             صفحه

جدول 1-3 مشخصات جغرافیایی والد‌ها……………… .32

جدول 2-3 ترکیبات بافر استخراج CTAB……………. .34

جدول 3-3 مشخصات آغازگرهای SSR………………… .36

جدول 4-3 غلظت و مقدار اجزای واکنش PCR با آغازگرهای SSR   .37

جدول 5-3 برنامه‌ی دمایی و زمانی واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز   .38

جدول1-4 شرایط بهینه شده واکنش زنجیره‌ای پلی‌مراز برای هر آغازگر…………………………………………… .47

جدول 2-4 دامنه‌های آللی نظاره شده…………….. .47

جدول 3-4 نسبت‌های گامتی کروموزوم‌های باند‌دار در یک گیاه اتوتتراپلوئید…………………………….. .50

جدول 4-4 فراوانی ژنوتیپی حاصل از تلاقی والد 103B (AAOO) با سایر والدها……………………………….52

جدول 5-4 فراوانی ژنوتیپی و فنوتیپی حاصل از تلاقی والد 103B (AAOO) با سایر والدها…………………..52

جدول 6-4 فراوانی ژنوتیپی حاصل از تلاقی والد 103B (AOOO) با سایر والدها…………………………………….52

جدول 7-4 فراوانی ژنوتیپی و فنوتیپی حاصل از تلاقی والد 103B (AOOO) با سایر والدها………………….53

 

فهرست اشکال

عنوان                                                                                                                                            صفحه

شکل1-2 Prosopis juliflora. شاخه و برگ و گل (X5/0)، میوه (X5/0)، غلاف ( X2 )،گل (X5)، کاسه گل و تخمدان (X5)، (پاسیزنیک و همکاران، 2001) 10

شکل 2-2 کشور‌هایی که P. juliflora در آن‌ها هست………… 11

شکل 3-2 این شکل یک‌رشته‌ی DNA (یکی از دو رشته‌ی هومولوگ) حاوی لوکوس ریزماهواره (AT)n را نشان

می‌دهد…………………………………………… 16

شکل1-3 عکس هوایی نمونه های والدی…………………… 32

شکل 1-4 تعیین غلظت DNA با بهره گیری از نانودراپ……….. 45

شکل 2-4 نمونه‌ی DNA استخراج شده…………………….. 46

شکل 3-4 چند شکلی حاصل از تکثیر با آغازگر MO9 در بعضی درختان فرزندی                                                          48

شکل 4-4 درخت فیلوژنی بعضی درختان مورد آزمایش……….. 54

شکل 5-4 دندروگرام به روش UPGMA با بهره گیری از ماتریس فاصله جاکارد                                                          56

 

 

 

 

 

 

 

 

 

فصل اول

مقدمه و اهداف

 

 

 


 

 

 

 

فصل اول : مقدمه

1-1 مقدمه و اهداف

خوزستان در تقسیم‌‌‌بندی کلی اقلیمی کشور در بخش صحرایی گرم و خشک طبقه‌بندی گردیده می باشد، اما هوای خوزستان در جلگه و سواحل خلیج فارس گرم و مرطوب، در نواحی کم ارتفاع صحرایی، گرم و خشک و در قسمت‌های کوهستانی با ارتفاع زیاد دارای آب و هوای مرطوب و سرد می باشد. استان خوزستان تحت تاثیر سه نوع باد قرار دارد: اولین باد جریان سرد نواحی کوهستانی، دومین باد (شرجی) جریان گرم و رطوبتی از خلیج فارس می باشد که به سوی جلگه می‌وزد و سومین باد، باد سموم می باشد که از عربستان می‌وزد و همیشه مقداری شن و خاک و رطوبت به همراه دارد. از این رو طرح‌های بیابان‌زدایی و مالچ‌پاشی از سال‌های گذشته در دست اجرا بوده‌می باشد.

این مطلب رو هم توصیه می کنم بخونین:   دانلود پایان نامه ارشد:تاثیر پوشش های خوراکی کیتوزان، نانو کیتوزان، متیل سلولز و پکتین بر ماندگاری پس از برداشت و ویژگی های کیفی میوه انار

با این حال در سالهای اخیر خشک شدن تالاب هورالعظیم و وزش جریانات جوی از سوی عراق ریزگرد‌هایی که از سوی این دو کشور به ایران وارد می شوند به گونه فزاینده‌ای افزایش داده که این امر موجب کاهش کیفیت هوا و همچنین کاهش کیفیت زندگی هموطنانمان به خصوص در استان‌های هم جوار با عراق شده‌می باشد. از این رو کوشش برای افزایش پوشش گیاهی و جنگلی مناطق بیابانی و شنزار‌های مرزی، ضرورتی دوچندان یافته می باشد.

از 000/200/1 هکتار وسعت بیابان‌ها و ماسه‌زار‌های استان خوزستان بالغ بر 000/350 هکتار آن را تپه‌های ماسه‌ای تشکیل می‌دهند (بی‌نام 1379). مانند گیاهانی که در طرح‌های بیابان‌زدایی، تثبیت شن، توسعه‌ی فضای سبز و ایجاد پارک‌های جنگلی به‌کار گرفته شده‌می باشد، کهور پاکستانی یا سمر با نام علمی Prosopis juliflora می‌باشد که 141114 هزار هکتار از اراضی بیابانی به کشت آن اختصاص یافته می باشد (صالحه شوشتری و همکاران، 1385). این گیاه با 2n=4x=56 کروموزوم (ترنچارد[1] و همکاران، 2008)، از خانواده‌ی Mimosaceae (مظفریان، 1378) گیاهی گرمسیری می باشد که دارای رشد و تولید مثل چشم‌گیری می‌باشد. به همین دلیل در استان خوزستان به دلیل سازگاری بالا، از پراکنش زیادی برخوردار می باشد. با این حال به درجه حرارت‌های پایین حساس می‌باشد.

طی سال‌های اخیر به دلیل تغییرات اقلیمی (اندرزیان، 1392)، فراوانی بروز یخبندان‌های شبانه و دما‌های زیر صفر خسارات ناشی از سرمازدگی و حتی انجماد افزایش یافته می باشد. خسارت سرمازدگی در گونه‌های نواحی گرمسیر و نیمه‌گرمسیر اتفاق می‌افتد. به‌طوری که در سال 1390 به دلیل سرمای بیش از حد شبانه برای اراضی زیر کشت کهور پاکستانی بسیاری از پایه‌های این گیاه از بین رفتند. در این بین تعداد محدودی از پایه‌های درختی بدون اینکه آسیب ببینند باقی ماندند. چنین تصور می‌گردید که این پایه‌ها مقاوم به سرما هستند. پژوهش حاضر با هدف مطالعه تنوع این پایه‌ها طراحی و اجرا گردید.

ارزیابی تنوع ژنتیکی با بهره گیری از نشانگرهای مولکولی مبتنی بر DNA یکی از جنبه‌های کلیدی در بهبود مدیریت منابع محیطی می‌باشد. ریزماهواره‌ها یا ردیف‌های تکراری ساده (SSRs)[2] از نشانگرهای مولکولی مبتنی بر DNA هستند که گروهی از ردیف‌های تکرارشونده می‌باشند. ردیف‌های ریزماهواره‌ای غیر‌پایدارند و با کاهش یا افزایش واحد‌های تکرار شونده دچار تغییرات فراوان در طول شده (نقوی، 1388). ابزار مناسبی را برای مطالعه تنوع ژنتیکی فراهم آورده‌اند.

به علاوه کاربرد و تفسیر نتایج نسبتا ساده، سیستم چند آللی ( تا 11 آلل)، تنوع زیاد، وفور بالا در ژنوم یوکاریوت‌ها، غیر عملکردی بودن، همبارز بودن (نقوی، 1388) و قابلیت انتقال بین‌گونه‌ای، آن‌ها را پرطرفدار ساخته می باشد. با این حال تا کنون آغازگری همانند این برای کهور پاکستانی منتشر نشده می باشد. اما گزارش‌های موجود نشان می‌دهد که آغازگر‌های SSR طراحی شده برای یک گونه‌ی خاص می‌توانند بطور موفقیت آمیز برای مطالعه گونه‌های مرتبط بکار گرفته شوند (موتورا[3]،2006). با در دست داشتن چنین آغازگرهایی می‌توان اندازه تنوع ژنتیکی توده‌های موجود در خوزستان را برآورد کرده و از آن‌ها در جهت اهداف اصلاحی بهره‌برداری نمود به همین دلیل پژوهش حاضر با فرضیه‌ها و اهداف زیر پیشنهاد می گردد.

2-1 فرضیه‌ها:

  • آغازگرهای SSR گونه خویشاوند می توانند در سمر (کهور پاکستانی) باند تولید کنند.
  • در توده‌های کهور پاکستانی موجود در خوزستان تنوع هست.

3-1 اهداف:

  • بدست آوردن آغازگرهای SSR جهت مطالعه تنوع ژنتیکی در سمر (کهور پاکستانی).
  • مطالعه تنوع نسبی توده‌های سمر (کهور پاکستانی) موجود در خوزستان.


 

 

 

 

فصل دوم

مروری بر پژوهش های انجام شده

 

 


[1] Trenchard

[2] Simple sequence repeat

[3] Mottura

***ممکن می باشد هنگام انتقال از فایل اصلی به داخل سایت بعضی متون به هم بریزد یا بعضی نمادها و اشکال درج نشود اما در فایل دانلودی همه چیز مرتب و کامل و با فرمت ورد موجود می باشد***

متن کامل را می توانید دانلود نمائید

زیرا فقط تکه هایی از متن پایان نامه در این صفحه درج شده (به گونه نمونه)

اما در فایل دانلودی متن کامل پایان نامه

 با فرمت ورد word که قابل ویرایش و کپی کردن می باشند

موجود می باشد

تعداد صفحه :89

قیمت : 14700 تومان

***

—-

پشتیبانی سایت :        ****       serderehi@gmail.com

در صورتی که مشکلی با پرداخت آنلاین دارید می توانید مبلغ مورد نظر برای هر فایل را کارت به کارت کرده و فایل درخواستی و اطلاعات واریز را به ایمیل ما ارسال کنید تا فایل را از طریق ایمیل دریافت کنید.

***  **** ***